例えば、「customize」というサブディレクトリを利用していたとする。 routes.rbは以下のような感じになるかと思う。

namespace 'customize' do
  resources :user
  resources :item
end

ルーティング設定まで終えて、customize以下に実際にuserコントローラ等を作成するには、

rails generate controller customize::user

とすることでcustomize以下に作成される。 testやassetファイルも全てcustomize以下に作成される。